A“Auf dass die Mauern überdauern“ lautete der Leitspruch der siebenjährigen Sanierungsphase der Citykirche. Die Sanierung von 2006 bis 2013 gliederte sich in acht Bauabschnitte. Die Finanzierung wurde vom Bistum Aachen, der Deutschen Stiftung Denkmalschutz, der Sparkassen-Stiftung Mönchengladbach, dem Land NRW, den Mitgliedern des Bauvereins sowie durch Bürgerspenden getragen.
Die Schäden waren gekennzeichnet durch Mikrobenbefall der überfeuchteten Wandzonen, herausbrechende Tuffschalen, durch Frost ausgesprengte Werkstücke, gebrochenes Maßwerk, defekte Regenrinnen und Schieferdeckungen. Poröses Mauerwerk hatte sich mit Wasser so vollgesaugt, dass der Tuffstein brüchig wurde und die Stabilität des Bauwerks gefährdet war.
Die Außensanierung bestand im Wesentlichen im Austausch von Steinen, Reparaturen der geschädigten Maßwerkteile und Entwässerung und Versiegelung des Gemäuers. Das südliche Schieferdach wurde komplett erneuert.
Für die Innensanierung musste die Kirche von April 2012 bis August 2013 geschlossen werden. Bei den Arbeiten an der Heizungsanlage traten Funde aus historischer Zeit zutage, die durch archäologische Fenster den Besuchern heute sichtbar sind. Die Gebeine, die bei den Grabungsarbeiten innerhalb der Kirche gefunden wurden, sind hinter dem Altar bestattet worden. Eine Grabplatte mit der Aufschrift
„Wir stehen auf ihren Schultern, sie sind uns eine Ewigkeit voraus“ erinnert an die Toten.
Nach der Säuberung aller Wand- und Deckenflächen wurden diese in einem dezenten Grauton getüncht. Alle Fenster wurden von außen und innen professionell gereinigt und lassen das Kircheninnere heute in neuem Glanz erstrahlen. Die Farbgestaltung der Kapitelle korrespondiert mit der des Orgelgehäuses. Die klangschöne und kostbare Fischer-Orgel aus dem Jahr 1975 wurde komplett gereinigt, repariert, restauriert und neu intoniert.
Das Innere der Kirche erfuhr eine vielseitige Umstrukturierung, ohne das Wesen des Baus als Gotteshaus anzutasten.